国鉄青函航路に就航していた連絡船「摩周丸」の船体を使用した博物館です。内部は一部現役当時のものを残しており、摩周丸の長い歴史を伝える資料や、体験コーナーがあります。かつて船長が指揮を執った操縦室・無線室を再現した部屋もあります。摩周丸は、八甲田丸・大雪丸・羊蹄丸・十和田丸・空知丸・檜山丸・石狩丸とともに、青函連絡船の最後になる航海を飾った一艘です。船内には、船長が指揮を執った操舵室・無線室を現役そのままに再現した「操舵室・無線室」や青函連絡船の就航時に使用され、長い歴史を伝える珍しい資料などが展示された「青函連絡船のあゆみコーナー」のほか、大きな船の構造が模型や映像で手に取るようにわかる「船のしくみ展示室」や函館港と函館山を一望できる「シーサイドサロン」などが設けられています。