本館、分館の教育資料館、自然学習園からなっています。
本館では山形県の自然・文化・郷土玩具などを、教育資料館では山形県の教育資料などを展示しています。自然学習園は白鷹山麓にある琵琶沼とその周囲の山林で、県民に自然学習の場を提供しております。