寛永の大造替の際に建てられ、東大寺正倉院と同じ校倉造（あぜくらづくり）の朱塗りの３棟の建物で、手前から下神庫、中神庫、上神庫と呼ばれています。これらの三神庫には千人武者行列用の１２００人分の装束が収納されています。また、上神庫の妻に「想像の象」といわれる黒と白の彫刻があり、東照宮三彫刻の一つです。