仁徳天皇時代に現地より西方に創建、535年この地に遷されたという。869年、朱智神社の祭神が、祇園の八坂郷感神院（八坂神社の前身）に遷されたことから、八坂神社の元となる神社といわれている。祇園祭のとき、朱智神社の氏子が奉じた榊を八坂神社まで届ける「榊遷」という行事があり、その榊を受けて山鉾巡行を始めたと言い伝えられている。1612年に建てられた本殿は、京都府の登録文化財になっており、建物は一間社流造、屋根は桧皮葺で、向拝の木鼻や、蟇股には、桃山様式の華麗な彫刻が多く見られる。