天暦年間（947～957）桜井康成の創建と伝える古刹。
天誅組は桜井寺を本陣として五條仮政府と号しました。
浄瑠璃の艶容女舞衣の三勝、半七の塚がある。
明治維新の動乱期、天誅組志士30人は一斉に挙兵し、五條代官所を襲い代官鈴木源内を殺害、櫻井寺を本陣として、 五條新政府を号し、倒幕の旗を揚げました。