玉若酢命神社とともに、島後を代表する神社です。隔年５月３日には、水若酢神社大祭が執り行われます。樹齢３００年を越える老松群に囲まれている本殿は隠岐造りと呼ばれる隠岐独特の神社建築様式で、神秘的な景観を醸し出しています。