太平洋に面した海岸段丘上に立地し、縄文時代早期前半から後期後半(紀元前7,000年-紀元前1,000年頃)にかけて、約6,000年もの長期にわたる定住を示す集落遺跡です。 定住が開始されたとみられる縄文時代早期前半(約7,000年前)にはほぼ同じ時期に隣接する垣ノ島B遺跡の土坑墓から世界最古の漆製品がみつかりました。その後、縄文時代早期後半(紀元前5,000年)の土坑墓群から副葬品とみられる17点の足形付土版、後期後半の漆塗り注口土器や香炉形土器などが数多く出土しています。こうした遺物からは当時の高い技術や成熟した社会、精神文化の高さをうかがうことができます。 また、縄文時代中期末葉から後期初頭(紀元前2,000年前後)に構築された長さ190ｍ以上におよぶ「コ」(Ｕ)の字形をした大規模な盛土遺構は、国内最大級の規模です。「送り場」など祭祀・儀礼の場と考えられ、当時の社会性や精神性の変遷を示す遺構として、今なお視覚的に確認できる重要な記念物です。