駒場博物館は、美術博物館と自然科学博物館で構成されており、美術博物館は1階、自然科学博物館は2階にある。駒場博物館の両翼である二つの博物館は、それぞれの個性を生かしつつ連携し、定期的に共催の展覧会を催すなど、総合文化研究科・教養学部ならではの文系・理系の垣根を越えた活動を行っている。