鳳来寺山自然科学博物館は、鳳来寺山を中心とした東三河の動物、植物、菌類、岩石、化石、鉱物など多彩な資料を展示しています。鳳来寺山の仏法僧の展示や、新城市を横切る日本第一級の断層帯「中央構造線」のレプリカなどを見ることができます。また、中庭ではフクロウなど保護動物を見ることができます。1~2時間程度の博物館内外のガイドツアーも行っております(要予約)。