二之丸史跡庭園は平成4年5月に開園しました。発掘調査等に基づき、二之丸邸の間取りを遺構の上に表現し整備されました。部屋の間取りを水の流れで再現した「奥御殿跡流水園」や愛媛の特産のミカン類を鑑賞できるよう工夫された「表御殿跡柑橘草花園」に大きく分かれます。庭園東側には「林泉庭」があり露岩を背景にした池や滝を配置してわびさびを表現しています。大井戸の遺構はそのままご覧いただけるよう露出展示しています。