「キリスト教の伝来とその終焉」をテーマに、天草キリシタン史を歴史の流れに沿って展示・解説しています。キリスト教の伝来から、南蛮文化、天草・島原の乱や乱後の代官行政など、６つの要素で構成され、それぞれの背景や歴史を学ぶことができます。