創建の時期は不明ですが、縄文晩期の祭祀遺跡の発掘や、日本最古の書の１つ「常陸國風土記」（721年）に「浄らかな山かびれの高峰（御岩山の古称）に天つ神鎮まる」とされる事から、古代より信仰の聖地であった事が窺えます。
御祭神は国之常立神　大国主神　伊邪那岐神　伊邪那美神　大山祗神　ほか20柱御岩山総祭神１８８柱を祀り、中世には山岳信仰とともに神仏混淆の霊場となり、江戸時代に至っては水戸藩初代徳川頼房公により出羽三山を勧請し水戸藩の国峰と位置づけ、徳川光圀公（水戸黄門さま）など藩主代々参拝を常例とする祈願所でありました。　
仏像の現存、境内の遺跡、祭事内容など古代信仰（古神道）、神仏習合色が色濃く残り、「神仏を祀る唯一の社」として、他の神社、寺院に見られない独自の信仰を伝えております。