１９８２年に神戸の旧居留地エリアに開館。神戸市立南蛮美術館と神戸市立考古館を統合してできた人文科学系の博物館です。
「国際文化交流、東西文化の接触と変容」をテーマに、神戸ゆかりの芸術家の作品、国宝を含む考古学資料や歴史資料、古地図、著名な美術資料など約４万点を所蔵しています。