元は「吉水院」と呼ばれていましたが、明治に神仏分離が行われ、後醍醐天皇の難聴の皇居であったことから、明治8年に「吉水神社」と改められました。

南朝の古文書や武具、秀吉の花見に使われた楽器など100点を超える宝物が残されています。