真言宗御室派の寺院で、江戸時代は真蔵寺と呼ばれていましたが、奈良時代の文化人である吉備真備を輩出した吉備氏の菩提寺であることから、元禄の頃より吉備寺と呼ばれるようになりました。「へちま封じ」と呼ばれる祈祷があり、脳病に効験があるといわれることから、シーズンには入学や就職の祈願で賑わいます。