「二十六聖人殉教地」として有名な西坂の丘に建つ博物館。秀吉のキリシタン禁令で２６名の信徒が処刑された殉教の哀しい歴史を今に伝えます。昭和３７（１９６２）年、隣接する聖フィリッポ西坂教会や記念碑と共に設立されました。聖フランシスコ・ザビエルの手紙などの資料ほか絵画作品も展示されています。