平成９年４月に開館したばかりの資料館で、出島和蘭商館跡地にあります。建物は幕末の出島にあった石造倉庫を半分復元したものです。１階では模型やパネル・映像資料によって出島の生活を紹介。２階では出島の出土遺物等を展示しています。