神社に伝わる由緒によれば、天武天皇白鳳4年に神託により宇佐神宮から分霊を迎えたのが始まりという。明治時代以降に軍港佐世保の鎮守神として海軍将兵の信仰を集めたが、1945年6月29日未明の佐世保空襲で社殿を焼失した。現在の社殿は戦後の1964年に再されたもので鉄筋コンクリート製。第2次世界大戦前は最終的に県社に列格し、戦後は神社本庁の別表神社となった。