本館、分館の教育資料館、自然学習園からなっています。本館では山形県の自然と文化を、教育資料館では山形県の教育資料約１３００点を展示しています。自然学習園は白鷹山麓にある琵琶沼とその周囲の山林で、県民の森の一部になっています。山形県の興味深い資料が多数展示されている博物館です。