高野山全体の総本堂である金堂は、弘仁１０年（８１９）明神社建立の後、伽藍諸堂のうちで最初に建設に着手されました。創建当時は講堂と呼ばれていました。幾度となく焼失していて、現在の本堂は昭和７年（１９３２）に再建されたもの。本尊の薬師如来は高村光雲の作で秘仏です。