国宝の多宝塔は、真言密教の教義を形の上で示したもので、高さ約３７．５メートル、下層方５間、上層円形、本瓦葺、朱塗の２層で高野山の大塔をまねた唐式塔で、現存する多宝塔のうち最大です。秀吉の根来攻めの際に延焼を免れたものの、この時の火縄銃の弾痕が今でもはっきり残っています。