烏丸半島に位置する日本で最大の湖をテーマとした博物館です。琵琶湖の自然環境の変遷や、琵琶湖の交通や漁業の歴史の資料展示のほか、琵琶湖に生息する魚を鑑賞することができ、琵琶湖について深い理解を得ることができます。